Por favor, use este identificador para citar o enlazar este ítem:
http://repositorio.pediatria.gob.mx:8180/handle/20.500.12103/2501| Título : | Identification of the antiepileptic racetam binding site in the synaptic vesicle protein 2A by molecular dynamics and docking simulations |
| Creador: | Correa Basurto J |
| Nivel de acceso: | Open access |
| Palabras clave : | Epilepsia - fisiopatología Epilepsia - tratamiento farmacológico Sistema Nervioso Central - efectos de drogas Vesículas Sinápticas - efectos de drogas Vesículas Sinápticas - ultraestructura Epilepsy - physiopathology Epilepsy - drug therapy Central Nervous System - drug effects Synaptic Vesicles - drug effects Synaptic Vesicles - ultrastructure SV2A Brivaracetam epilepsia Levetiracetam Seletracetam SV2A brivaracetam epilepsy levetiracetam seletracetam |
| Descripción : | La proteína de la vesícula sináptica 2A (SV2A) es una proteína de membrana integral necesaria para el correcto funcionamiento del sistema nervioso central y está asociada a la fisiopatología de la epilepsia. SV2A es el blanco molecular del fármaco antiepiléptico levetiracetam y sus análogos de racetam. El sitio de unión racetam en SV2A y las interacciones no covalentes entre racestams y SV2A son actualmente desconocidos; Por lo tanto, se realizó un estudio in silico para explorar estas cuestiones. Dado que SV2A no ha sido estructuralmente caracterizado con cristalografía de rayos X o resonancia magnética nuclear, se construyó un modelo tridimensional (3D). El modelo se refinó mediante la realización de una simulación de dinámica molecular (MDS) y las interacciones de SV2A con los racetams se determinaron mediante estudios de acoplamiento. Se obtuvo un modelo 3D fiable de SV2A; Alcanzó el equilibrio estructural durante los últimos 15 ns del MDS (50 ns) con los movimientos estructurales restantes en el N-terminal y el lazo citoplásmico largo. Los estudios de acoplamiento revelaron que las interacciones hidrofóbicas y los enlaces de hidrógeno participan de manera importante en el reconocimiento de ligandos dentro del sitio de unión. Los residuos T456, S665, W666, D670 y L689 fueron importantes para la unión de racetam dentro del núcleo hidrofílico trans-membrana de SV2A. La identificación del sitio de unión de racetam dentro de SV2A debe facilitar la síntesis de radio-ligandos adecuados para estudiar la respuesta al tratamiento y posiblemente la progresión de la epilepsia. Synaptic vesicle protein 2A (SV2A) is an integral membrane protein necessary for the proper function of the central nervous system and is associated to the physiopathology of epilepsy. SV2A is the molecular target of the anti-epileptic drug levetiracetam and its racetam analogs. The racetam binding site in SV2A and the non-covalent interactions between racetams and SV2A are currently unknown; therefore, anin silico study was performed to explore these issues. Since SV2A has not been structurally characterized with X-ray crystallography or nuclear magnetic resonance, a three-dimensional (3D) model was built. The model was refined by performing a molecular dynamics simulation (MDS) and the interactions of SV2A with the racetams were determined by docking studies. A reliable 3D model of SV2A was obtained; it reached structural equilibrium during the last 15 ns of the MDS (50 ns) with remaining structural motions in the N-terminus and long cytoplasmic loop. The docking studies revealed that hydrophobic interactions and hydrogen bonds participate importantly in ligand recognition within the binding site. Residues T456, S665, W666, D670 and L689 were important for racetam binding within the trans-membrane hydrophilic core of SV2A. Identifying the racetam binding site within SV2A should facilitate the synthesis of suitable radio-ligands to study treatment response and possibly epilepsy progression. © 2015 Correa-Basurto, Cuevas-Hernández, Phillips-Farfán, MartínezArchundia, Romo-Mancillas, Ramírez-Salinas, Pérez-González, Trujillo-Ferrara and Mendoza-Torreblanca. |
| Colaborador(es) u otros Autores: | Cuevas-Hernández RI1 Phillips-Farfán BV2 Martínez-Archundia M1 Romo-Mancillas A3 Ramírez-Salinas GL1 Pérez-González ÓA2 Trujillo-Ferrara J1 Mendoza-Torreblanca JG2. |
| Fecha de publicación : | 2015 |
| Tipo de publicación: | Artículo |
| Formato: | |
| Identificador del Recurso : | 10.3389/fncel.2015.00125 |
| Fuente: | Frontiers in Cellular Neuroscience 9(125): |
| URI : | http://repositorio.pediatria.gob.mx:8180/handle/20.500.12103/2501 |
| Idioma: | eng |
| Aparece en las colecciones: | Artículos |
Ficheros en este ítem:
No hay ficheros asociados a este ítem.
Los ítems de DSpace están protegidos por copyright, con todos los derechos reservados, a menos que se indique lo contrario.